細菌屋的正確使用方法是將其放在過濾盒中，且放在過濾棉下面的一層，讓水流先經過過濾棉，再經過細菌屋。細菌屋一般是圓柱體，中空且有許多孔隙，透氣透水性好，方便魚缸培養硝化細菌，從而維護魚缸的水質。

細菌屋一般是高溫燒制而成，投入使用前，需要先用清水浸泡，讓有害物質釋出，再放進魚缸的過濾盒里，達到過濾水質和培養硝化細菌的作用。

如果是裸缸養魚，沒有設置過濾盒，可以直接將細菌屋、陶瓷環、濾沙等濾材直接放進魚缸底部，它們的孔隙也能吸附部分雜質，也可以使硝化細菌附著。

細菌屋的主要作用是凈化水質，給魚兒增加所需的微量元素，促進錦鯉魚的新陳代謝。細菌屋的形狀有方形，圓柱形，圓柱形比較多。而圓柱形的細菌又有大小之分，一般大的長度在15厘米以上的都會用在魚池過濾。

細菌屋是燒制而成的，在使用前需要用清水泡。

細菌屋的形狀，圓柱體，中間空形，表面積有很多細小的孔，透氣性、透水性好有助于好氧菌培養，當然也可以培養厭氧菌，螺旋狀的結構更容易形成漩渦抽動細菌屋內外，有利于好氧菌與厭氧菌的平衡來保持長期有效的凈水功能。誘發魚類的發色，但是空間的利用率不是很高。

細菌屋還可以持久性的釋放負離子、遠紅外線以及豐富的微量元素，使魚類保持活躍，促進新陳代謝，又可以調節水質的pH值，使水質偏堿性一些，還可以抑制毒菌生長，降解水中的有毒化學物質。